Цель Мы заметили, что ESMFold2 создает конструкции с более высоким содержанием α-спиралей, чем природные белки. Мы хотели приблизить их составы вторичной структуры к природным, не переобучая модель. Мы добавили штраф за спиральную геометрию, которая увеличивала содержание β-листов и петель в пяти целевых объектах, в среднем с более низкими показателями достоверности. Мы делимся кодом, прогнозируемыми структурами и трассировками оптимизации с исследователями, которые хотят контролировать состав связующего или исследовать, как структурные предпочтения возникают во время проектирования. Эти…